Μεσοεπιθετικός, ήρθε στην ΑΕΚ από την ομάδα του Γαλατσίου το καλοκαίρι του 1989 έναντι 2,2 εκατομμυρίων δραχμών. Στο διάστημα της παρουσίας του στην ΑΕΚ κατέγραψε 3 συμμετοχές σε αγώνες Πρωταθλήματος σημειώνοντας ένα γκολ στις 27/5/1990 όταν στο 88′ σκόραρε το τρίτο και τελευταίο γκολ της ομάδας στη νίκη με 3-0 απέναντι στον Απόλλωνα Καλαμαριάς. Συμμετείχε και σε 6 αγώνες για το Κυπέλλο Ελλάδας όπου και σημείωσε 1 γκολ στους ομίλους του Α’ Γύρου της διοργάνωσης στην εκτός έδρας νίκη με 0-4 απέναντι στην  Πρέβεζα στις 2/9/1990.
Ο Παναγιώτης Παγκράτης αγωνίστηκε ως βασικός και για όλη τη διάρκεια του ματς στις 31/1/1990 όταν η ΑΕΚ απέκλεισε τον Πανιώνιο με 3-1 στα πέναλτι (κανονικός αγώνας 3-3) και πήρε την πρόκριση στα Προημιτελικά του μοναδικού Λίγκ Κάπ (ή Κυπέλλου ΕΠΑΕ) που διοργανώθηκε ποτέ, στην περίοδο 1989-90 και το οποίο τελικά κατέκτησε η “Ένωση”.
Παρ’ όλα αυτά δεν κατάφερε να εδραιώσει την παρουσία του στην ομάδα και το 1991 μετεγράφη στον Ατρόμητο ενώ αργότερα έπαιξε στον Φωστήρα, τον Πανερυθραϊκό, την Πεύκη, το Γαλάτσι και την Πέρα Κλούμπ.
Παραμένει φανατικός οπαδός της ΑΕΚ και συχνά παρακολουθεί τους αγώνες της με τις κόρες του.